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Il tuo problemino richiede non poco tempo per collaudare l’esempio minimo compilable che hai allegato, perché il pacchetto MinionPro non fa parte della distribuzione normale del Sistema TeX. Mi stupisco che il nome del pacchetto contenga lettere maiuscole; sarebbe una grossa eccezione alla regola che tutti i nomi dei pacchetti e delle classi distribuiti con il sistema TeX debbano essere minuscoli.
Domani spero di poterti dare una risposta.
Invece te la do subito.
Hoguardato tutto quello che l’attuale aggiornatissima versione di TeX Live mi offre e di quel che mi offre il mio Adobe Acrobat Pro XI in fatto di font. Ho i MinionPro 2000 OpenType: quindi volendo potrei modificare il tuo esempio minimo e compilarlo con XeLaTeX o LuaLaTeX e vedere che cosa ottengo.
Tuttavia sono andato su CTAN e ho esaminato quel che si trova lì in merito ai MinionPro.
Le informazioni che vi si rovano non sono dele migliori; quel supporto a LaTeX per l’uso dei MinionPro richede un pesante lavoro di crazione dei font virtuali a partire dagli OpenType; Non si capisce, anche se se ne fa cenno, come vengano ottenuti i font virtuali matematici, ma non sono andato a fondo.
Quello però che mi ha fatto cadere le braccia è che fa riferimento a teTeX, il padre di TeXLive, che non viene più aggiornato dal 2007; In quell’anno esisteva certamente XeTeX, che mi pare sia stato messo a disposizione della comunità solo nel 2006; ma nel 2007, se non ricordo male non esisteva ancora XeLaTeX, arrivato nel 2008, se non sbaglio le date. La prima distribuzione ufficiale di TeX Live deve essere del 2007.
Ora aveva un senso ricavare i font virtuali a 256 glifi (codifica di un byte) quando ancora non era disponibile XeLaTeX; ma oggi è disponibile e lo è anche LuaLaTeX che usano direttamente i font OpenType senza bisogno di ottenerne le versioni virtuali.
Perché il tuo problema nasce sicuramente dal modo con cui sono stati creati i font virtuali.
QQuindi ti uggerisco di fare tu al ocnversione del tuo esempio minimo compilabile togliendo ogni riferimento al pacchetto MinionPro, ai font MnSymbols, al pacchetto fonttable e ad ogni altro pacchetto che sia specifico di pdfLaTeX. Carica invece il pacchettofontspec che serve per gestire i font opentype; e specificagliquali font vuoi usare per il mainfont; ovviamante i MinionPro; se leggila documentazione di fontspec, trovi anche degli esempi che usano i MinionPro, quindino sto a dirti come fare, visto che c’è già scritto nella documentazione. Compila poi quell’esempio con XeLaTeX o con LuaLaTeX; e ne vedrai gli effetti; Se vuoi usare della matematica in modo serio, devi poi trovare un font Matematico OpenType che si accordi bene con il MinionPro, forse i font XITS Math vanno bene e dovrebbero essere abbondantemente sufficienti.
In questo modo dovresti superare loscoglio che i MinionPro virtuali ti hanno messo fra i piedi e nello stesso tempo impari come usare XeLaTeX e/o LuaLaTeX (che se non usi il linguaggio Lua, si usa praticamente come XeLaTeX, ma reagisce meglio se usi il pacchetto micrortype e/o se vuoi creare un file PDF che possa soddisfare le nome ISO per l’archiviabilità).
Poi magari scopri anche che la tesi ben composta la si compone bene anche con latri font e magari lasci perdere i MinionPro perché ne trovi fra gli OpenType di quelli che ti piacciono di più e presentano meno problemi con la matematica.
Buona tesi…
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