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Buon sera ragazzi,
ho bisogno di un vostro aiuto, sono intento nel scrivere la tesi e sono alla ricerca di un pacchetto di chimica di facile utilizzo, per la scrittura delle varie reazioni chimiche e quant’altro.
Ho provato a usare xymtex, chemfig e chemformula ma non sto ben capendo come si usano, sapete se esistono dei manuali in italiano per l’utilizzo di questi pacchetti? O sapete se ci sono altri pacchetti di chimica più semplici? Ho davvero poco tempo per poter studiare la documentazione e mi servirebbe qualcosa di più intuitivo e veloce
Ciao,
no. Non c’è documentazione in italiano per questi pacchetti. Mi sento però di darti alcune informazioni che possano servire a te e ad altri qui del forum dato che non è densamente popolato di chimici e informazioni in tal senso si reperiscono difficilmente.
Direi che ci sono 3 modi per poter scrivere la chimica in un documento LaTeX2ε:
- Si scrivono direttamente i codici nel proprio documento documento.tex. Questa strada va benissimo per formule chimiche e per reazioni in cui non si vogliano mostrare le strutture, o al massimo per piccole strutture. Per strutture chimiche più massicce il tempo richiesto per scrivere il sorgente diventa molto imponente e la compilazione del documento può, anch’essa, diventare molto lunga. Se si vuole seguire questa strada è possibile avvalersi di chemfig per le strutture e chemformula per le semplici formule. Per le formule c’è anche mhchem, piuttosto simile a chemformula, ma che è meno personalizzabile e dà risultati esteticamente un po’ meno gradevoli. In ogni caso evita di utilizzare xymtex.
- Si utilizza un software esterno di videoscrittura, magari gratuito (vedi ChemSketch). Questa strada è ottima per strutture di grandi dimensioni poiché la facilità con cui è possibile disegnare una struttura con un software del genere non è neanche comparabile a quella con cui si può disegnare con uno dei pacchetti che ho elencato nel punto precedente. Questo è uno dei motivi per cui LaTeX non ha un grande appeal nel mondo della chimica rispetto ad altre scienze. (Direi inoltre che questo è un limite che LaTeX ha insito, ovvero disegnare con LaTeX non sarà mai tanto semplice quanto farlo con un software esterno, di qualunque tipo di disegno si tratti.) Disegnata la struttura, è possibile importarla in .pdf andando a ritagliarla con il pacchetto pdfcrop ed eseguendo le tipiche procedure per l’importazione di un’immagine qualsiasi.
- Si miscelano i metodi precedenti. Ad oggi è disponibile il pacchetto mol2chemfig che consente di disegnare una struttura con un programma di videoscrittura come ChemSketch, salvarla in formato MDL (.mol), e tradurla in un linguaggio proprio del pacchetto chemfig così da poterla direttamente inserire nel tuo documento.tex. Non solo, questo pacchetto offre la possibilità di partire da stringhe SMILES o da codice pubchem CID. Se queste procedure si vogliono eseguire direttamente dal proprio pc l’implementazione è davvero complicata, esiste però la possibilità di collegarsi al sito http://chimpsky.uwaterloo.ca/mol2chemfig/ e compiere tutto online.
Ovviamente, per garantire una buona riuscita tipografica, ci dovrà essere coerenza con le varie formule inserite nel documento e quindi è bene scegliere una strada e insistere con essa fino in fondo oppure miscelare le varie strade adeguatamente, avendo l’accortezza di dare omogeneità al documento finale.
Non mi sento di consigliarti una strada in particolare perché tutto dipende dal tipo di documento che andrai a realizzare ovvero da quanta e quale chimica dovrai scrivere.
Se sei socio del GuIT puoi scaricare e leggere l’articolo
La chimica con LaTeX2ε. Un esame dei pacchetti esistenti e delle possibilità
(Clemens Niederberger)
pubblicato su ArsTeXnica ad aprile 2016. Vedi sezione ArsTeXnica di questo sito.
Non vedo l’ora di leggerlo, neanche io sono socio. Temo però che il grosso di quello che è disponibile (togliendo i vari pacchetti per diagrammi energetici di orbitali molecolari, orbitali stessi ecc…) io te l’abbia già elencato.
Francesco
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