Problemi con un template e probabilmente font Adobe

Nella pagina che hai linkato c’è scritto chiaramente che ci sono tre font che devi avere installati sul computer per usare il template. Uno di questi font si chiama proprio adobe caslon pro.
Io non ho provato a compilare il modello per vedere se funziona tutto come dovrebbe ma se due più due fa quattro non hai installato i font richiesti.
Come scritto anche nella pagina che hai linkato potresti anche provare a cambiare font se non riesci a risolvere

Consiglio non richiesto: lascia perdere i template online, soprattutto se sono vecchi di qualche anno. Non ho visto il codice di questo template in particolare ma spesso e volentieri i template che si trovano in giro non sono ben fatti o sono talmente vecchi da essere obsoleti

Segui il consiglio di Little.
Ho scaricato quel template e ne h letto le impostazioni indicate nel file structure.tex. Sono rimasto sbalordito nel vedere che usa XeTeX per un input codificato in latin1 e un output codificato in T1.
La buona volontà di Maggi e le modifiche di Vet sono evidenti, ma l’esperineza nel costruire un buon template, scritto in modo coerente manca ad entrambi.
Quindi hai due scelte:
1) il template è fatto per girare su Mac; se non hai un Mac (e non ce l’hai perché stai usando MiKTeX) devi procurati i font, oppure devi cambiare le specifiche dei font. In questo senso ti suggerirei di commentare i tre statement che specificano il font roman, il font mono e il font sans serif, lasciando che vengano usati i font di default che sono i Latin Modern.
2) Lasci perdere quel template e cerchi di usare una qualsiasi delle classi per tesi che vengono spesso suggerite in questo sito; te ne ricordo qualcuna suftesi, saptesi, toptesi; non dispongono di template, ma dispongono di ottime documentazioni, che a loro volta contengono dei modelli per i tratti di codice più caratteristici. Non devi scaricare queste classi, perché fanno già parte di MiKTeX completo. dovresti poterne leggere la documentazione (anche con MiKTeX), aprendo un terminale , scrivendoci dentro il comando tecdoc classe, per esempio texdoc suftesi, e infine premendo il tasto “invio” per eseguire il comando.

L’ “errore” segnalato da microtype, non è un errore, ma un warning; non pensarci.

Piuttosto come ti ho detto, non ho capito perché quel template debba essere compilato con XeLaTeX; Probabilmente se togli nel file ogni informazione che contenga la string XeTeX o XeLaTeX e compili con LuaLaTeX ti sparisce anche quel warning.

Ti ripeto che lo stile della tesi dipende anche dall’argomento trattato; il font Caslon, con il quale verrebbe composta la maggior parte del testo, non è né piccolo né grande; caso mai è l’impostazione del template con l’opzione 10pt che te lo fa apparire piccolino, ma l’opzione 10pt è l’opzione di default; avresti sostanzialmente la stessa grandezza con qualunque altro font.
Sostanzialmente vuol dire che a pari corpo la somma dell’altezza del carattere più alto e della profondità del carattere più profondo è di solito identica da font a font, ma, sempre a pari corpo, può essere differente l’occhio dei caratteri. Col corpo di 10pt Latin Modern con grazie presenta l’altezza dei caratteri minuscoli senza ascendenti né discendenti pari a circa 4.5pt, mentre il Palatino la presenta di circa 5pt; il font Helvetica (senza grazie) presenta quell’altezza di circa 5.5pt. Quindi non è che cambiando font le cose rimangano identiche ma solo “sostanzialmente” uguali; la differenza maggiore la si vede cambiando corpo, perché non cambia solo l’altezza delle lettere senza ascendenti, ma anche la larghezza.

10pt è ragionevolmente il minimo corpo che si possa usare per il testo normale di un documento da leggere con continuità (come una tesi), 11pt è più confortevole, 12pt forse è troppo, a meno che il testo da scrivere non sia particolarmente complesso o perché contien molta matematica in linea col testo o perché contiene brani scritti con “alfabeti” diversi, dove potrebbero esserci accenti sovrapposti che non si distinguono bene in corpo 10pt, ma si distinguono bene i copro 12pt.

Il Caslon è leggermente più scuro del LAtin Modern, ma vien v=fornito in un solo corpo da ingrandire o rimpicciolire a seocnda del contesto.
Latin Modern ha i copri ottici, quindi non avvengono né ingrandimenti né rimpicciolimenti (se non di qualche punto percentuale), ma vengono usati font simili ma disegnati apposta per quel corpo; con i font ditribuiti in un solo copro i pedici possono perdere i loro tratti più sottili, mentre i copri grandi diventano troppo neri.

In sostanza non ne farie una malattia per usare il Caslon a tutti i costi; ma se ti piacciono e li vuoi usare, lo puoi fare anche con le altre classi che ti ho indicato; Sicuramente toptesi funziona anche con XeLaTeX e LuaLaTeX; mi pare che anche suftesi lo faccia; non ti so dire nulla su questo aspetto per saptesi. Ma come al solito si trovano le informazioni necessarie leggendo la loro documentazione.