Segnalibri in classe report:

È difficile trovare una spiegazione, perché il tuo lungo codice (che ti ho messo fra gli appositi tag) perché non è compilabile, in quanto mancano i pacchetti che inserisci con \input e mancano le figure, anche fittizie, che riguardano la tua azienda.
Tuttavia il tuo preambolo contiene di tutto e di più, compresi degli errori, come caricare hyperref due volte, di cui una prima di aver caricato i pacchetti che modificano le definizioni già modificate da hyperref. Lo scriviamo sempre che hyperref deve sempre venire caricato per ultimo salvo casi particolarissimi e rarissimi (per esempio quando si usano lingua che si scrivono da destra a sinistra).
Diversi altri pacchetti sono caricati due volte. fontenc con l’opzione T1, per esempio è caricato due volte a distanza di poche righe.
Alcuni pacchetti non devono venire caricati, come amsfonts, perché vien c=già caricato da amssymb, per esempio.
I commenti che metti di fianco ad alcuni pacchetti sono errati, come per esempio che la chiamata a babel con una lista di lingue serva per il controllo ortografico, o che eso-pic serva per gestire le immagini (no, gestisce gli sfondi, che siano immagini o altro non importa, sono sempre solo gli sfondi).
Alcuni di questi errori non portano a conseguenze fatali, ma, pur non essendo compilabile, non mi stupirei se cancellassi la prima chiamata ad hyperref, lasciando la seconda con le sue opzioni, e i problemi che lamenti scomparissero. Ovviamente è solo un’ipotesi, possibilmente sbagliata.

Ti consiglierei di mettere un po’ d’ordine nel preambolo, mettendo la chiamata ad hyperref per ultimo, la gestione tipografica (non ortografica) delle lingue e i relativi font all’inizio, toglierei la chiamata al pacchetto times, tanto poi usi Iwona e lo usi come font di default, perché tutto il documento, indici compresi, è composto con Iwona; toglierei tutti i duplicati, e manterrei vicine le parti logicamente collegate. Non caricare pacchetti che non usi, perché così riduci la probabilità di avere conflitti fra pacchetti.

Il fatto che ti vengano due indici uno a pagina 1 e uno a pagina 2 dove comincia anche il primo capitolo, mi stupisce un po’, perché non riesco a vedere dove dici al programma di comporre due volte l’indice. Userei gli argomenti facoltativi per i comandi \chapter, in modo che nell’indice vengano scritti in nero minuscolo (con la sola prima iniziale, maiuscola); quelle righe in tutte maiuscole nere sono veramente brutte; poi se il problema rimane, rimanda il tuo codice senza includere file di nessun genere, ma sostituendo il testo con testo fittizio, ottenuto per esempio con il pacchetto lipsum, oppure con il pacchetto kantlispum. I modo che noi possiamo compilare e renderci conto di che cosa produce il problema che lamenti.

Però ho la sensazione che quello che appare esplicitamente nel tuo codice, cioè [tt]\tablefcontentes[/tt] seguito da [tt]\clearpage[/tt] corrisponda alla prima pagina, mentre la seconda pagina corrisponda all’inizio del file immesso con \input, il file 1-specifiche-tecniche.tex, che comincia di nuovo con [tt]\tableofcontents[/tt], ma non ha il comando \chapter, e comincia subito dopo con la prima \section. Se questo fosse corretto, sapresti già dove mettere le mani per eliminare quella bruttura.

Mi sono sbagliato a scrivere: volevo dire che hai caricato due volte fontenc.

Vedo che non mi sono spiegato bene per quel che riguarda di inserire un esempio minimo compilabile senza includere i tuoi veri file.

Allora ho preso il tuo primo file, non ho cancellato niente ma ho commentato el righe da togliere o da sostituire per rendere il tuo esempio compilabile. Ho caricato un paio di pacchetti per gestire le miscele di colori e un pacchetto per inserire testo qualsiasi, tanto per riempire le pagine. È cosi che si creano facilmente esempi minimi compilabili. Per i colori mi sono serviti per sostituire le tue immagini delle barre laterali e del logo dell’azienda. Ho spostato qualche riga più avanti o più indietro tanto perché io potessi disporre di un codice più ordinato.Non ho cancellato i pacchetti del tuo preambolo; parto da presupposto che se li hai caricati ne usi le funzionalità; se non ne usi le funzionalità non caricarli, perché ingombreresti solo la memoria e potresti ritrovarti con conflitti di pacchetti.

Non credo che avrai difficoltà a riconoscere le righe di codice che mi sono scritto per simulare le tue parti grafiche.

Comunque nel codice che segue, l’indice va dove deve andare; senza che ne appiano due titoli e senza che l’indice vada a finisre dove non deve.

Se ti appiaono du titoli di indice, dunque, vuol dire che hai usato due volte il comando \tableofcontents, ma questo devi cercare tu stesso, nei file che includi, dove potrebbe essere che tu abbia commesso questa svista. Con il codice che ho messo insieme io il problema non si pone.
`% !TEX TS-program = pdflatex
% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
\documentclass[a4paper,titlepage,twoside]{report}
%
% dichiarazione dei pacchetti necessari per la compilazione
%
\usepackage[german,english,italian]{babel} %per correzione ortografica (l'ultimo è il default)
\usepackage{afterpage}
\usepackage{float} %per creare oggetti flottanti
\usepackage{amsmath,amssymb} %fonts per simboli matematici
\usepackage{times} %fonts Adobe Times Roman
\usepackage{graphicx} %per gestione avanzata immagini
\usepackage[pscoord]{eso-pic} %per immagini di sfondo
\usepackage{fancyhdr} %per intestazioni e pie' di pagina
\usepackage{tabularx} %per tabelle
\usepackage{booktabs} %per tabelle
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{varioref} %per riferimenti incrociati
\usepackage{siunitx} %unità del Sistema Internazionale
\usepackage[hyperfootnotes=false]{hyperref} %per collegamenti ipertestuali
\usepackage{multirow} %celle multiriga nelle tabelle
\usepackage{cleveref}
\usepackage{mparhack} %per note a lato pagina
\usepackage{multicol} %testo in multicolonna
\usepackage{titlesec} %spaziatura titoli
\usepackage{eurosym} %simbolo euro
\usepackage{rotating}
\usepackage[referable]{threeparttablex}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc} %caratteri accentati
\usepackage[labelformat=empty,skip=0pt]{caption}
%FONT ISTITUZIONALE —————————————————————————————————————-
\usepackage[math]{iwona}
%FONT PER ESPORTAZIONE ——————————————————————————–
%\usepackage{uarial}
%\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}
%————————————————————————————————————————————————–
%%%%%%%%%%% \usepackage[T1]{fontenc}%%%%%%% Caricato due volte
\usepackage{textcomp}
%\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault} % Should be added!
%\usepackage{setspace}
%————————————————————————————————————————————————–
%
% impostazione delle variabili
%
\newcommand{\commessa}{-}
\newcommand{\revisione}{-}
\newcommand{\dataofferta}{-}
\newcommand{\tipoimpianto}{-}
\newcommand{\nomeimpianto}{-}
\newcommand{\layout}{-}
\newcommand{\layoutimage}{-}
\newcommand{\nomeaziendacliente}{-}
\newcommand{\indirizzoaziendacliente}{-}
\newcommand{\nomecliente}{-}
\newcommand{\responsabilecommerciale}{-}

% variabili per consegna, collaudo, installazione
\newcommand{\datapat}{15 giorni prima della consegna}
\newcommand{\dataconsegna}{90 giorni dall'entrata in vigore del contratto}
\newcommand{\datainstallazione}{15 giorni dopo la consegna}

%————————————————————————————————————————————————–
%definizione elenco variabili per richiamo scopo fornitura (standard o optional) – lista prezzi
\newcommand{\stda}{}
\newcommand{\stdaa}{}
\newcommand{\stdb}{}
\newcommand{\stdc}{}
\newcommand{\stdd}{}
\newcommand{\stde}{}
\newcommand{\stdf}{}
\newcommand{\stdg}{}
\newcommand{\stdh}{}
\newcommand{\stdi}{}
\newcommand{\stdl}{}
\newcommand{\stdm}{}
\newcommand{\stdn}{}
\newcommand{\stdo}{}
\newcommand{\stdp}{}
\newcommand{\stdq}{}
\newcommand{\stdr}{}
\newcommand{\stds}{}
\newcommand{\stdt}{}
\newcommand{\stdu}{}
\newcommand{\stdv}{}
\newcommand{\stdz}{}

\newcommand{\opta}{}
\newcommand{\optb}{}
\newcommand{\optc}{}
\newcommand{\optd}{}
\newcommand{\opte}{}
\newcommand{\optf}{}
\newcommand{\optg}{}
\newcommand{\opth}{}
\newcommand{\opti}{}
\newcommand{\optl}{}
\newcommand{\optm}{}
\newcommand{\optn}{}
\newcommand{\opto}{}
\newcommand{\optp}{}
\newcommand{\optq}{}
\newcommand{\optr}{}
\newcommand{\opts}{}
\newcommand{\optt}{}
\newcommand{\optu}{}
\newcommand{\optv}{}
\newcommand{\optz}{}
%————————————————————————————————————————————————–
\newcounter{costoorario}
\newcounter{costostraordinario}
\newcounter{costogiorno}
\newcounter{oregiornaliere}
\newcounter{costogiornoinstal}
\setcounter{oregiornaliere}{8}
\setcounter{costogiorno}{0}
\setcounter{costoorario}{\value{costogiorno}/\value{oregiornaliere}}
\setcounter{costostraordinario}{\value{costoorario}*\real{1.1}}
\setcounter{costogiornoinstal}{0}
\newif\ifcompleto
\completofalse % o \completofalse
%————————————————————————————————————————————————–
%
% impostazione dei parametri del file PDF
%
\hypersetup{pdftitle={OFFER \commessa},%
pdfauthor={Eng. Matteo Vicini, ASED},pdfcreator={},pdfproducer={},pdfkeywords={}%
bookmarks,bookmarksnumbered,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=2,%
colorlinks,citecolor=black,filecolor=black,linkcolor=black,urlcolor=black}
%————————————————————————————————————————————————–
%
% impostazione della grafica
%
\setlength{\headheight}{13.29901pt}
%\newcommand\barraintestazione{\begin{picture}(0,0)\put(90.0,-18){\includegraphics[angle=90]{immagini/logo_laterale_offerta_2}}\end{picture}}
%\newcommand\barradestra{\begin{picture}(0,0)\put(-450.0,-646){\includegraphics[angle=90]{immagini/logo_laterale_offerta_2}}\end{picture}}
%\newcommand\barrasinistra{\begin{picture}(0,0)\put(400,-646){\includegraphics[angle=90]{immagini/logo_laterale_offerta_2}}\end{picture}}

\usepackage{kantlipsum}%%% Per inserire testo di riempimento
\usepackage{xcolor}%%%% per definire le mescolanze di colori
\newcommand\barraintestazione{\begin{picture}(0,0)
\put(90,-18){\color{black!10!white}\rule{20mm}{40mm}}
\end{picture}}
\newcommand\barradestra{\begin{picture}(0,0)
\put(-450,-646){\color{black!10!white}\rule{20mm}{40mm}}
\end{picture}}
\newcommand\barrasinistra{\begin{picture}(0,0)
\put(400,-646){\color{black!10!white}\rule{20mm}{40mm}}
\end{picture}}
\newcommand\LogoPantoneFinto{{\color{red!20!white}\rule{\linewidth}{30mm}}}

\newcommand{\lastcenter}{\leftskip=\fill \rightskip=-\fill \parfillskip=\stretch{2}} %per giustificare la seconda colonna in tabularx centrando l'ultima riga
\fancypagestyle{plain}{\fancyhf{}%
\fancyfoot[LO,RE]{}\fancyfoot[RO,LE]{\thepage}}

\pagestyle{fancy}
\fancyhead{} %faccio una bella pulizia della intestazione!
\fancyfoot{} %faccio una bella pulizia del piede di pagina!
\fancyhead[LO]{\barrasinistra}
\fancyhead[RE]{\barradestra}
\fancyfoot[LO,RE]{\MakeUppercase{\tipoimpianto}~ \nomeimpianto~ \\ \itshape{Offerta \commessa-\revisione\ emessa il \dataofferta}}
\fancyfoot[RO,LE]{\thepage}
\interfootnotelinepenalty=10000
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.4pt}
\newcommand\BackgroundPicture{
\put(0,0){
\parbox[\paperheight][c]{\paperwidth}{
% \vfill
% \centering
%%%% \includegraphics[width=10cm]{immagini/Logo_Pantone_3250_2}
\begin{picture}(0,0)
\put(0,0){\LogoPantoneFinto}
\end{picture}
% \vfill
}}}
%————————————————————————————————————————————————–
%
% creazione del frontespizio e collegamenti agli altri files
%
\begin{document}
\begin{titlepage}
\AddToShipoutPicture{\BackgroundPicture}
\begin{minipage}[c][\textheight][t]{0.85\linewidth}
\begin{center}
\vspace{0.5cm}
{\fontsize {8mm}{7mm}\selectfont {\textbf {\MakeUppercase{\tipoimpianto}}}\\[0.5cm] \fontsize {7mm}{6mm}\selectfont {\textbf {\nomeimpianto}}\\[0.3cm] \normalsize {\itshape {{{Offerta \commessa\ – \revisione\ – \dataofferta}}\\[0.2cm] {{Layout {\layout}}} }}}
\end{center}
\vspace{9.5cm}
\begin{flushleft}
\emph {Cortese attenzione:} \Large {\nomecliente}\\[0.2cm]
\normalsize \emph {Spett.:} \Large {\nomeaziendacliente}\\
\normalsize
\vspace{5cm}
\begin{tabular}{lr}
\toprule
\emph{ASED sales manager:} {\responsabilecommerciale}\\
% \emph{ASED technical responsible:} {\responsabiletecnico}\\
\end{tabular}
\end{flushleft}
\end{minipage}
\begin{minipage}[c][\textheight]{0.15\linewidth}
\barraintestazione
\end{minipage}
\end{titlepage}
%————————————————————————————————————————————————–
%
% Creazione automatica dell'indice e richiamo delle varie sezioni
%

\tableofcontents %indice costruito in automatico (file .toc)
\clearpage
\chapter{Specifiche tecniche}
\kant[1-4]
\chapter{Riepilogo fornitura}
\kant[5-8]
\chapter{Prezzi}
\kant[9-20]
% \input{1-specifiche_tecniche}
% \input{2-riepilogo_fornitura}
% \input{3-prezzi}
%\ifcompleto
% \input{4-definitions}
% \input{5-general_conditions}
%\fi
%\clearpage % Questo a fine documento è inutile
\end{document}`Per tua comodità, anche per vedere che cosa producono le correzioni che ho riportato per mettere in posizione la mia “immagine” di sfondo (un banale rettangolo rosso chiarissimo), vedi se servono anche a te che usi le immagini vere. Non è detto, quindi prendile con beneficio di inventario.