Subfig e caption usando tikzpicture

Buongiorno a tutti.
Sto scrivendo la tesi e sto compilando il mio file latex con dei grafici usando tikzpicture.
Ho riscontrato un problema che non riesco a fissare utilizzando più grafici creati con tikzpicturecon il comando \subfloat nell’ambiente figure:
Questo è il mio preambolo (per caption e subfig)
`
\documentclass[a4paper, 12pt]{book}
…
\usepackage[width=0.9\textwidth, font=footnotesize, format=hang, tableposition=bottom, figureposition=bottom, labelfont={sf,bf}, justification=justified]{caption}
\usepackage{subfig}
…
`

E questo è il codice usato per inserire le figure:
`
\begin{figure}[h]
\centering
\subfloat[]{%
\input{./3Chapter/IMG/541PT/541PT_absexem+laser.tex}
\label{subfig: absfluoPT}}
\subfloat[]{%
\input{./3Chapter/IMG/541PDT/541PDT_absexem+laser.tex}
\label{subfig: absfluoPDT}}\\
\subfloat[]{%
\input{./3Chapter/IMG/546film/546film_abs+laser.tex}
\label{subfig: absfilm}}
\caption{%
Normalized absorption and fluorescence spectra compared to the laser emission spectrum for \textbf{(a)} 541PT sample, \textbf{(b)} 541PDT sample and \textbf{(c)} 546Film sample.}
\label{fig: Absfluo544}
\end{figure}
\noindent
`

Le figure ottenute in questo modo mi danno lo stesso problema di centratura riportato al seguente LINK.
Se però utilizzo l’opzione [trim axis left, prima axis right] la figura mi da problemi:

Se uso sia le impostazioni in caption e in subfig, gli indici mi vengono spostati in fondo alla figura.
Se invece non inserisco le opzioni nel pacchetto caption gli indici vengono posizionati correttamente, però perdo il layout desiderato.
Inoltre utilizzando l’opzione [trim axis left, prima axis right] le figure si sovrappongono parzialmente al centro.

Qualcuno saprebbe aiutarmi? grazie

Il file .tex che caricato in \subfloat ha questa composizione:
`
\begin{tikzpicture}[trim axis left,trim axis right]

\definecolor{mycolor1}{rgb}{0.99216,0.91765,0.79608}%

\pgfplotsset{
width=0.3\textwidth,
height=0.3\textwidth,
scale only axis,
tick align = inside,
scaled x ticks = false,
title style={font=\bfseries},
tick label style = {font=\scriptsize},
label style={font=\footnotesize},
legend style={legend cell align=left, align=left, font=\scriptsize},
scaled y ticks = false,
/pgf/number format/1000 sep={}
at={(0\textwidth,0\textwidth)},
stack plots=y,
xmin=450,
xmax=600,
xlabel={Wavelength (nm)},
ymin=0,
ymax=2,
ylabel={Normalized Intensity [a.u.]},
axis background/.style={fill=white},
grid=both,
minor tick num=2,
set layers=axis on top,
clip=true,
clip mode=individual
}

\begin{axis}[%
]

\addplot

table[row sep=crcr]{%
187.01 -0.0233649574492264\\
…
1100.296 0.0061598524184324\\
}
\closedcycle;
\label{Laser Emission PT}
\end{axis}

\begin{axis}[%
hide axis
]

\addplot
table[row sep=crcr]{%
800 -0.00201542054661274\\
};
\label{544PT Absorption}
\end{axis}

\begin{axis}[%
hide axis
]

\addplot
table[row sep=crcr]{%
350 2.49837182333858\\
655 0.083398739983852\\
};
\label{544PT Excitation}
\end{axis}

\begin{axis}[%
hide axis
]

\addlegendimage{/pgfplots/refstyle=Laser Emission PT}\addlegendentry{Laser Emission}
\addlegendimage{/pgfplots/refstyle=544PT Absorption}\addlegendentry{544PT Absorption}
\addlegendimage{/pgfplots/refstyle=544PT Excitation}\addlegendentry{544PT Excitation}

\addplot
table[row sep=crcr]{%
450 0.0270433909977171\\
};
\addlegendentry{544PT Emission}
\end{axis}
\end{tikzpicture}%`