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Perfetto! Ha funzionato semplicemente aggiungendo le righe di codice che hai scritto. Per chi avesse lo stesso problema:
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\listoftables
\listoffigures
\appendix
\renewcommand\thechapter{A.\Roman{chapter}}
\chapter{Tools \& Methods}
…
…
…
%LE SEGUENTI QUATTRO RIGHE SONO QUELLE AGGIUNTE
\backmatter % ci vuole la classe book
\cleardoublepage
%\phantomsection % decommenta se usi hyperref
\addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
\begin{thebibliography}{99}
…
…
\end{thebibliography}
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Grazie mille per l’aiuto! Buona settimana
Francesco
