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Dunque ho scoperto che se tolgo dal preambolo \usepackage[T1]{fontenc} il doppio trattino nel sorgente rimane tale anche nel documento finale. Ho poi provato quello che mi hai chiesto di fare, ma sembra che inserire quel codice non abbia alcun effetto apparente, sia quando uso il pacchetto fontenc, sia quando non lo uso.

Provo a spiegare meglio ciò che vorrei ottenere. Invece di avere un unico documento che gestisce per intero la suddivisione in sezioni, come ad esempio in
`\section{Section 1}
\subsection{Subsection 1}
\subsubsection{Subsubsection 1}
Hello world!`
vorrei dovermi preoccupare, a livello di documento principale, soltanto della suddivisione in sezioni di livello più elevato (chapters o sections) e delegare la suddivisione in sezioni di livello inferiore ad altri file più specifici.
Per esempio avere un file main.tex come segue:
`\section{Section 1}\input{section1/section1.tex}`
un file section1/section1.tex come segue:
`\subsection{Subsection 1}\input{subsection1/subsection1.tex}`
un file section1/subsection1/subsection1.tex come segue:
`\subsubsection{Subsubsection 1}\input{subsubsection1/subsubsection1.tex}`
ed infine un file section1/subsection1/subsubsection1/subsubsection1.tex come segue:
`Hello world!`
Ad ogni modo la mia non è una necessità imprescindibile, posso decisamente fare a meno di tutto ciò. Si tratta piuttosto di semplice curiosità e del desiderio di capire meglio il comportamento del comando \input di LaTeX. Grazie ancora.