Claudio

Intanto grazie della risposta.
1) Messo \hyperref per ultimo.
2) Il lower case lo uso perchè altrimenti, usando nei capitoli il pagestyle fancy con le opzioni di default, i nomi delle sezioni in cima alle pagine mi compaiono tutti in maiuscolo, e non mi piace. So che basterebbe mi leggessi la documentazione di fancy per trovare una via più elegante..
3) Ho tolto tutti i \pagestyle{empty}: grazie mille della dritta, devo essere venuto a conoscenza dell’esistenza di emptypage dopo che li avevo messi per lo scopo che hai citato. Ora in effetti non servivano a nulla.
4) Spostando \addcontentsline PRIMA di \input si sono efefttivamente risolti entrambi i problemi, ma ne è comparso un altro: il riferimento sia nel menù a sinistra di Acrobat Reader sia nei collegamenti di hyperref all’indice si è ‘corrotto’, nel senso che ora punta alla prima pagina della tesi (Università degli studi di Padova, ecc.: che non ho postato) e non più all’effettiva pagina in cui è presente l’indice. In più mi sono accorto che il pagestyle del capitolo 5 invade anche le due pagine di conclusione, e questo purtroppon è un problema ulteriore indipendente dalla posizione di \addcontentsline..
5) Ecco un esempio minimo (avevo già verificato che non era il contenuto dei file relativi agli input() a condizionare il risultato..)

`\documentclass[a4paper,12pt]{book}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{microtype}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{relsize}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{amssymb,amsmath,amsthm}
\usepackage{geometry}
\usepackage{dcolumn}
\usepackage{float}
\usepackage[bf,hang]{caption}
\usepackage{subfig}
\usepackage{listings}
\usepackage[bw]{mcode}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{relsize}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
\usepackage{emptypage}
\usepackage{setspace}
\usepackage{times}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{booktabs,multirow}
\usepackage{hyperref}
\RequirePackage{acronym}

\setlength{\captionmargin}{0.1\textwidth}
\DeclareUnicodeCharacter{B0}{\textdegree}
\newcommand{\HRule}{\rule{\linewidth}{0.5mm}}
\newcommand{\HRuleZero}{\rule{\linewidth}{0.0mm}}
\onehalfspacing
\geometry{a4paper,tmargin=3cm,bmargin=3cm,lmargin=3cm,rmargin=3cm}

\begin{document}

\begin{titlepage}
\begin{center}
\includegraphics[width=4cm]{figs_hope/logo_unipd}\\[0.65cm]

{\LARGE Universit\`{a} degli studi di Padova}\\[0.3cm]
\Large Dipartimento di Neuroscienze: NPRR\\[1cm]

{\large Corso di Laurea in Logopedia}\\[0.5cm]
\large Tesi di Laurea\\[0.8cm]

% Titolo
\linespread{1.5}
\HRule \\[0.4cm]
{\Large \textsc{La normalizzazione del test Va.Bi.A.:}}\\[0.3cm]
{\Large \textsc{analisi delle abilit\`a cognitivo-comunicative}}\\[0.3cm]
{\Large \textsc{in un campione di anziani normali}}\\[0.1cm]

\HRule \\[2cm]
\linespread{1}

% Autore, relatore e correlatore
\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{flushleft} \large
\emph{Relatore}: \\
Prof. Fabiola Gaio
\\ $ $\\ \large
\emph{Correlatore}: \\
Prof. Alessandra Buia
\\ $ $\\ \large
\end{flushleft}
\end{minipage}
\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{flushright} \large
\emph{Laureando}:\\
Valentina Fantin
\end{flushright}
\end{minipage}

\vspace*{1cm}
\HRuleZero \\[0.0cm]
{\large A.A. 2011/2012}

\end{center}
\end{titlepage}
\newpage
\pagestyle{empty}
\vspace*{\fill}
\newpage
\pagestyle{empty}
\begin{flushright}
{\LARGE\textit{Dedica.}}
\end{flushright}
\newpage

\renewcommand{\thepage}{\roman{page}}%% Ogni pagina prima dell'introduzione viene cosi' numerata in romanico
\setcounter{page}{1}
\pagestyle{plain}
\cleardoublepage
\addcontentsline{toc}{chapter}{Indice}
\tableofcontents

\chapter*{Introduzione}
\markboth{\MakeUppercase{Introduzione}}{Introduzione}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Introduzione}
\label{intr}
Prova

\cleardoublepage
\renewcommand{\thepage}{\arabic{page}}
\setcounter{page}{1}
\chapter[L{\lowercase{a comunicazione}}]{La comunicazione}
\label{cap1}
Prova

\chapter[L{\lowercase{a comunicazione nell'anziano}}]{I cambiamenti nella comunicazione dell'anziano}
\label{cap2}
Prova

\chapter[V{\lowercase{alutazione nel soggetto anziano}}]{Valutazione nel soggetto anziano}
\label{cap3}
Prova

\chapter[I{\lowercase{l progetto}}]{Il progetto}
\label{cap4}
Prova

\chapter[A{\lowercase{nalisi dei dati}}]{Analisi dei dati}
\label{cap5}
Prova

\chapter*{Conclusione}
\addcontentsline{toc}{chapter}{Conclusione}
Prova

\end{document}`