Errore aggiornando MikTek

Come al solito un esempio minimo compilabile (EMC) che riproduca il tuo problema sarebbe utile.
Quindi, in mancanza, vado a lume di naso e tiro a indovinare.

In quel poco che hai mostrato sembrerebbe con nel file .toc sia andata una lunga stringa di cose che comprendono anche delle macro; Non sarebbe vietato, ma bisogna che le macro siano robuste; per evitare di doversi preoccupare di macro robuste, bisogna o proteggerle espressamente oppure evitare di mettere macro nei titoli; Non per niente la sintassi di \section\è la seguente`\section[tittolo breve]{titolo lungo}`Il titolo lungo è quello che viene composto come titolo del paragrafo e può contenere macro anche non robuste; il titolo breve serve per l’indice ed è opportuno che non contenga macro di nessun genere. Il titolo breve va a finire anche nelle testatine; Il titolo breve, fra parentesi quadre, è facoltativo; se è assente nell’indice va il titolo lungo che se contiene macro fragili produce guai; Forse a te `successo proprio questo
Questa sintassi di \section è comune con il titolo lungo e facoltativamente con il titolo breve è comune a utti i comandi di quaune livello e persino al comando \caption, che produce un titolo come didascalia, ma non seziona il testo.
Esistono anche classi che hanno due argomenti facoltativi, per esempio la classe memoir, la cui sintassi è`\section[titolo per indice][titolo per testatina]{titolo lungo}` Il valore predefinto di tutti e tre gli argomenti è il titolo lungo; se manca il titolo per la didascalia ma c’è il titolo per l’indice, quest’ultimo funziona anche per la didascalia.

Prova a vedere se il mio lume di naso ha fiutato gioso; casmai riscrivi con un esempiominimo che riproduca iltuo problema.