font e \headheight

Non ricordo quale classe usi, ma con book puoi controllare nei file bk10.clo e bk12.clo che \headheigth rimane assolutamente costante, sempre 12pt; anche \headsep rimane pressoché costante da 0.275in a 0,25in (25 millesimi di pollice sono una inezia.

I margini laterali: puoi controllare anche quelli negli stessi file indicati sopra; ma devi ricordare che una riga è tanto più facilmente leggibile se è lunga un certo numero di caratteri, indipendentemente dal loro corpo; quindi se con 10pt la riga ottimale fosse lunga 100mm con 12pt la riga ottimale sarebbe lunga 120mm; è ovvio che se la riga è più lunga, i margini sulla carta A4 sono più stretti.

Si, Tesi Moderna usa la classe book, ma poi invoca il pacchetto layaureo che cambia tutto; devi andare a leggere layaureo (la sua documentazione) per capire perché succede quel che lamenti; se ben ricordo, ma puoi verificare in prima persona, la larghezza della griglia di stampa è calcolata in mdo da essere un filino più grande della larghezza ottimale, ma l’altezza è in rapporto aureo con la larghezza; quindi con una piccola giustezza (font piccolo) si ha una piccola altezza, e quindi grandi margini; con un font più grande del 20% si ha una giustezza del 20% più grande e corrispondentemente anche l’altezza diventa più grande e i margini superiore e inferiore più piccoli.

Se Lorenzo, nello scrivere Tesi Moderna, ha usato il pacchetto layaureo ha avuto le sue buone ragioni estetiche e tipografiche e il risultato è proprio quello che osservi; se non ti piace, devi abbandonare tesi Moderna, perché non puoi togliere il pacchetto layaureo e questo a sua volta non è configurabile, ma è da prendere così com’è. C’è scritto anche nella documentazione di layaureo.