Installazione TexLive2012 problematica

Salve a tutti.
Ho effettuato il passaggio alla TexLive 2012, ma continuo a riscontrare problemi.
In particolare ho come l’impressione che i pacchetti non vengano installati.
Questo perchè, come si può vedere nella foto allegata, il quadratino accanto al pacchetto appena installato non cambia colore, e quando premo “aggiorna installati”, non trova nulla da aggiornare.

Inoltre, girando sul web, ho effettuato una verifica parallela da terminale:

`nedu@nedu:~$ tlmgr check all
Running check files:

Files present but not covered (relative to /usr/local/texlive/2012):
texmfcnf.lua

Running check depends:
Running check executes:
Running check runfiles:
# afoot.sty
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/arabtex/afoot.sty /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/ledmac/afoot.sty
# c-cap.dat
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/generic/pst-geo/data/c-cap.dat /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/generic/pst-geo/dataII/c-cap.dat
# citycapitals.dat
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/generic/pst-geo/data/citycapitals.dat /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/generic/pst-geo/dataII/citycapitals.dat
# dblaccnt.sty
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/minitoc/dblaccnt.sty /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/vntex/dblaccnt.sty
# gamma.mf
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/fonts/source/public/lfb/gamma.mf /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/fonts/source/public/wnri/gamma.mf
# ligature.mf
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/fonts/source/public/lfb/ligature.mf /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/fonts/source/public/wnri/ligature.mf
# ot1.cmap
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/cmap/ot1.cmap /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/mmap/ot1.cmap
# t1.cmap
diff /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/cmap/t1.cmap /usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/mmap/t1.cmap
tlmgr: exiting unsuccessfully (status 1).
nedu@nedu:~$`

Aggiungo che ho iniziato ad avere sospetti sulla bontà dell’installazione perchè ricevo problemi sulla compilazione di una bibliografia che prima, con la 2011, non avevo.
Qualche suggerimento?