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Caro @claytonx,
benvenuto sul forum, ma purtroppo pochi sapranno darti una dritta su come si usa LyX.
Ti suggerisco:
1) Lascia perdere LyX
2) Acaricati dalla sezione Documentazione di questo forum la guida per nuovi utenti di LaTeX la guida L’Arte di scrivere con LaTeX; dopo i primi tre o quattro capitoletti introduttivi c’è tutto il resto; ti consiglio di sfogliare anche il resto, tanto per vedere che cosa contiene quella guida, ma poi consultala solo per problemi specifici aiutandoti anche con l’indice generale e l’indice analitico. Lì trovi anche le risposte alle tuo domande, ma non se usi LyX.
3) A seconda della macchina su cui lavori scegliti un editor adatto ai tuoi bisogni e usa quello invece di LyX. L’Arte ti dà ottimi suggerimenti anche su questo punto.
Nella guida suddetta c’è anche scritto perché LyX non dovrebbe essere usato da nessuno, se non in circostanze particolari, e cioè quasi mai. In due parole: LyX si autodefinisce un sistema What You See Is What You Mean, ma non è vero. I normali editor TeXShop, TeXworks, TeXstudio, Emacs+auctex, Aquamacs, eccetera, sono davvero dei front end WYSIWYM per LaTeX, nel senso che vedi il testo, vedi i comandi di formattazione, ma non hai limiti di nessun genere ad usare la potenza del sistema TeX al 100%.
LyX invece pretenderebbe di presentarti sullo schermo una buona approssimazione di quello che poi potrai stampare o mettere in rete sotto forma di file PDF. La buona approssimazione implica saper interpretare i comandi LaTeX, ma LyX non può conoscere le centinaia di migliaia di comandi del sistema TeX, il quale dispone di circa 3500 pacchetti di estensione e circa 140 000 file per l’installazione completa, quella che noi consigliamo sempre, per un totale di poco più di 5 GiB. Nota che per ottenere un file PDF da LyX devi avere installato anche il sistema TeX; quindi perché non usarlo direttamente, senza la palla al piede di LyX?
Prima lasci perdere LyX, prima vivi felice! 🙂