Marco

Puoi postare un esempio di cosa intendi? Questo codice mi sembra funzionare (ho aggiunto anche [tt]\acfp[/tt] se vuoi usarlo dentro all’argomento opzionale di [tt]\item[/tt]).
`
\documentclass[10pt,% % corpo del font principale
a4paper,% % carta A4
twoside,openright,% % fronte-retro
% oneside,openany,% % solo fronte
titlepage,% % frontespizio
headinclude,,footinclude,% % testatina e piede di pagina
BCOR5mm,% % rilegatura di 5 mm
cleardoublepage=empty,% % pagine vuote senza testatina e piede di pagina
tablecaptionabove,% % didascalie in cima alle tabelle
]{scrreprt} % classe report di KOMA-Script;

\usepackage[T1]{fontenc} % codifica dei font:
% NOTA BENE! richiede una distribuzione *completa* di LaTeX,
% per esempio TeXLive o MiKTeX *complete*

\usepackage[utf8]{inputenc} % codifica di input; anche [latin1] va bene
% NOTA BENE! va accordata con le preferenze dell'editor

\usepackage[italian,english]{babel} % per scrivere in italiano e in inglese;
% l'ultima lingua (l'italiano) risulta predefinita

\usepackage[suftesi]{frontespizio} % frontespizo
% per includerlo nel documento bisogna:
% 1. compilare una prima volta Tesi.tex;
% 2. compilare a parte Tesi-frn.tex, generato dalla compilazione precedente;
% 3. compilare ancora Tesi.tex.

\usepackage{indentfirst} % rientra il primo capoverso di ogni sezione

\usepackage{graphicx} % immagini

\usepackage{listings} % codici

\usepackage[font=small]{quoting} % citazioni

\usepackage{amsmath,amssymb,amsthm} % matematica

\usepackage[italian]{varioref} % riferimenti completi della pagina

\usepackage{mparhack,relsize} % finezze tipografiche

\usepackage{tabularx} % tabelle di larghezza prefissata

\usepackage[style=philosophy-modern,citestyle=numeric-comp,hyperref,backref,square,natbib,backend=biber]{biblatex}
% eccellente pacchetto per la bibliografia;
% produce uno stile di citazione autore-anno;
% lo stile “numeric-comp” produce riferimenti numerici;
% NOTA BENE! bisogna che il proprio editor sia configurato per biber

%\addbibresource{Bibliografia.bib} % database di biblatex

\defbibheading{paper}{\noindent \Large{BIBLIOGRAPHY}}
\defbibheading{web}{\noindent \Large{WEBSITES}\footnote{Date refers to last online visit}}

\usepackage{subfig} % sottofigure, sottotabelle

\usepackage{eurosym} % simbolo dell'euro

\usepackage[eulerchapternumbers,% % numeri dei capitoli nel font Euler
subfig,% % se si usa il pacchetto subfig
beramono,% % Bera Mono come font a spaziatura fissa
eulermath,% % AMS Euler come font per la matematica
pdfspacing,% % migliora il riempimento di riga
listings,% % codici
% parts,% % da decommentare in un documento diviso in parti
]{classicthesis} % stile ClassicThesis

\usepackage{arsclassica} % modifica alcuni aspetti di ClassicThesis

\usepackage[printonlyused,withpage]{acronym}

\makeatletter
\def\ac@read#1{\expandafter\ac@readi#1{#1}}
\def\ac@readi#1#2#3{\def\noexpand#3{\unexpanded{{#1}}{\@skipmath\lowercase#2$\valign$}}}
\DeclareRobustCommand{\MakeTextLowercase}{\@uclcnotmath{\def\ac##1{\ifcsname fn@##1\endcsname\expandafter\ac@read\csname fn@##1\endcsname\fi\NoCaseChange{\ac{##1}}}\def\acfp##1{\ifcsname fn@##1\endcsname\expandafter\ac@read\csname fn@##1\endcsname\fi\NoCaseChange{\acfp{##1}}}}{##1##2}\lowercase}
\makeatother

\begin{document}

\section{Acronyms}
\noindent{\huge{\textbf{E}}}
\begin{acronym}
\acro{EPM}{European Physiology Module}
\acro{AAP}{Altro Acronimo di Prova}
\end{acronym}

%%%%%%

\begin{description}
\item[ciao]
\item[\ac{EPM}]
\item[\ac{AAP}]
\item[\acfp{AAP}]
\end{description}
\ac{EPM}
\ac{AAP}
\acfp{AAP}

\end{document}
`

Eccomi, scusa il ritardo ma sono ancora in sessione esami 👿
Comunque è un errore mio, ho dimenticato uno spazio nel nome della macro 😳
`
\makeatletter
\def\ac@read#1{\expandafter\ac@readi#1{#1}}
\def\ac@readi#1#2#3{\def\noexpand#3{\unexpanded{{#1}}{\@skipmath\lowercase#2$\valign$}}}
\@namedef{MakeTextLowercase }{\@uclcnotmath{\def\ac##1{\ifcsname fn@##1\endcsname\expandafter\ac@read\csname fn@##1\endcsname\fi\NoCaseChange{\ac{##1}}}}{##1##2}\lowercase}
\makeatother
`
Nota attentamente che la macro è definita [tt]\@namedef{MakeTextLowercase }[/tt]. Lo spazio nel nome della macro è necessario: questa differisce da [tt]\MakeTextLowercase[/tt], più precisamente è una sua macro interna. Nello specifico fa parte di un sistema idea per rendere robuste le macro: questo significa che le macro non saranno espanse sempre, ma solo in determinate occasioni dove gli viene concesso, per impedirne espansioni indesiderate, con effetti talvolta disastrosi (come hai potuto sperimentare).
Dimenticandomi lo spazio ho distrutto la “robustezza” della macro perché ho sovrascritto la macro [tt]\MakeTextLowercase[/tt] perdendo tutto il meccanismo. Rinominare invece la versione con uno spazio finale permette di operare sulla macro le modifiche desiderate, senza perdere tutto il meccanismo di irrobustimento della macro.

Provvedo subito nella correzione anche i miei precedenti interventi, chiedo scusa per il disguido.

PS Correggendo le precedenti macro mi sono ricordato del comando [tt]\DeclareRobustCommand[/tt] che utilizzi proprio per definire nuove macro robuste (o sovrascrivere precedenti). Per evitare disguidi, ti consiglio di utilizzare questa macro. Il codice diventa quindi
`
\makeatletter
\def\ac@read#1{\expandafter\ac@readi#1{#1}}
\def\ac@readi#1#2#3{\def\noexpand#3{\unexpanded{{#1}}{\@skipmath\lowercase#2$\valign$}}}
\DeclareRobustCommand{\MakeTextLowercase}{\@uclcnotmath{\def\ac##1{\ifcsname fn@##1\endcsname\expandafter\ac@read\csname fn@##1\endcsname\fi\NoCaseChange{\ac{##1}}}}{##1##2}\lowercase}
\makeatother
`
In questo caso ridefinisci direttamente [tt]\MakeTextLowercase[/tt], si occuperà poi [tt]\DeclareRobustCommand[/tt] di renderla robusta e sovrascrivere la macro interna con la nuova impostazione.

A me questo codice compila tranquillamente (se escludiamo i warning, sei sicuro che [ŧt]classicthesis[/tt] sia compatibile con le classi KOMA-script?). Potresti postare il contenuto del file [tt]impostazione-tesi.tex[/tt]?
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\documentclass[10pt,% % corpo del font principale
a4paper,% % carta A4
twoside,openright,% % fronte-retro
% oneside,openany,% % solo fronte
titlepage,% % frontespizio
headinclude,,footinclude,% % testatina e piede di pagina
BCOR5mm,% % rilegatura di 5 mm
cleardoublepage=empty,% % pagine vuote senza testatina e piede di pagina
tablecaptionabove,% % didascalie in cima alle tabelle
]{scrreprt} % classe report di KOMA-Script;

\usepackage[T1]{fontenc} % codifica dei font:
% NOTA BENE! richiede una distribuzione *completa* di LaTeX,
% per esempio TeXLive o MiKTeX *complete*

\usepackage[utf8]{inputenc} % codifica di input; anche [latin1] va bene
% NOTA BENE! va accordata con le preferenze dell'editor

\usepackage[italian,english]{babel} % per scrivere in italiano e in inglese;
% l'ultima lingua (l'italiano) risulta predefinita

\usepackage[suftesi]{frontespizio} % frontespizo
% per includerlo nel documento bisogna:
% 1. compilare una prima volta Tesi.tex;
% 2. compilare a parte Tesi-frn.tex, generato dalla compilazione precedente;
% 3. compilare ancora Tesi.tex.

\usepackage{indentfirst} % rientra il primo capoverso di ogni sezione

\usepackage{graphicx} % immagini

\usepackage{listings} % codici

\usepackage[font=small]{quoting} % citazioni

\usepackage{amsmath,amssymb,amsthm} % matematica

\usepackage[italian]{varioref} % riferimenti completi della pagina

\usepackage{mparhack,relsize} % finezze tipografiche

\usepackage{tabularx} % tabelle di larghezza prefissata

\usepackage[style=philosophy-modern,citestyle=numeric-comp,hyperref,backref,square,natbib,backend=biber]{biblatex}
% eccellente pacchetto per la bibliografia;
% produce uno stile di citazione autore-anno;
% lo stile “numeric-comp” produce riferimenti numerici;
% NOTA BENE! bisogna che il proprio editor sia configurato per biber

%\addbibresource{Bibliografia.bib} % database di biblatex

\defbibheading{paper}{\noindent \Large{BIBLIOGRAPHY}}
\defbibheading{web}{\noindent \Large{WEBSITES}\footnote{Date refers to last online visit}}

\usepackage{subfig} % sottofigure, sottotabelle

\usepackage{eurosym} % simbolo dell'euro

\usepackage[eulerchapternumbers,% % numeri dei capitoli nel font Euler
subfig,% % se si usa il pacchetto subfig
beramono,% % Bera Mono come font a spaziatura fissa
eulermath,% % AMS Euler come font per la matematica
pdfspacing,% % migliora il riempimento di riga
listings,% % codici
% parts,% % da decommentare in un documento diviso in parti
]{classicthesis} % stile ClassicThesis

\usepackage{arsclassica} % modifica alcuni aspetti di ClassicThesis

\usepackage{bookmark} % segnalibri

\usepackage{enumerate}

\usepackage[printonlyused,withpage]{acronym}

%\usepackage[table, x11names, rgb]{xcolor}
\usepackage{colortbl}

%\input{impostazioni-tesi} % file con le impostazioni personali
\makeatletter
\def\ac@read#1{\expandafter\ac@readi#1{#1}}
\def\ac@readi#1#2#3{\def\noexpand#3{\unexpanded{{#1}}{\@skipmath\lowercase#2$\valign$}}}
\DeclareRobustCommand{\MakeTextLowercase}{\@uclcnotmath{\def\ac##1{\ifcsname fn@##1\endcsname\expandafter\ac@read\csname fn@##1\endcsname\fi\NoCaseChange{\ac{##1}}}}{##1##2}\lowercase}
\makeatother

\begin{document}

\section*{Acronyms}
\noindent{\huge{\textbf{E}}}
\begin{acronym}
\acro{EPM}{European Physiology Module}
\acro{AAP}{Altro Acronimo di Prova}
\end{acronym}

%%%%%%

\begin{description}
\item[ciao]
\item[\\ac{EPM}]
\item[\ac{AAP}]
\item[\ac{EPM}]
\end{description}
\ac{EPM}
\ac{AAP}

\end{document}
`
Come vedi ho commentato il file delle tue impostazioni personali, non avendolo.

Questo sembra funzionare
`
\documentclass[10pt]{scrreprt} % classe report di KOMA-Script;

\usepackage[T1]{fontenc} % codifica dei font:
% NOTA BENE! richiede una distribuzione *completa* di LaTeX,
% per esempio TeXLive o MiKTeX *complete*

\usepackage[utf8]{inputenc} % codifica di input; anche [latin1] va bene
% NOTA BENE! va accordata con le preferenze dell'editor

\usepackage[italian,english]{babel} % per scrivere in italiano e in inglese;
% l'ultima lingua (l'italiano) risulta predefinita

\usepackage{indentfirst} % rientra il primo capoverso di ogni sezione

\usepackage{mparhack,relsize} % finezze tipografiche

\usepackage[eulerchapternumbers,% % numeri dei capitoli nel font Euler
beramono,% % Bera Mono come font a spaziatura fissa
eulermath,% % AMS Euler come font per la matematica
pdfspacing,% % migliora il riempimento di riga
listings,% % codici
% parts,% % da decommentare in un documento diviso in parti
]{classicthesis} % stile ClassicThesis

\usepackage{arsclassica} % modifica alcuni aspetti di ClassicThesis

\usepackage{bookmark} % segnalibri

\usepackage[printonlyused,withpage]{acronym}
\makeatletter
\def\ac@read#1{\expandafter\ac@readi#1{#1}}
\def\ac@readi#1#2#3{\def\noexpand#3{\unexpanded{{#1}}{\@skipmath\lowercase#2$\valign$}}}
\DeclareRobustCommand{\MakeTextLowercase}{\@uclcnotmath{\def\ac##1{\expandafter\ac@read\csname fn@##1\endcsname\NoCaseChange{\ac{##1}}}}{##1##2}\lowercase}
\makeatother

\begin{document}

\section*{Acronyms}
\noindent{\huge{\textbf{E}}}
\begin{acronym}
\acro{EPM}{European Physiology Module}
\acro{AAP}{Altro Acronimo di Prova}
\end{acronym}

%%%%%%

\begin{description}
\item[ciao]
\item[\ac{EPM}]
\item[\ac{AAP}]
\end{description}
\ac{EPM}
\ac{AAP}

\end{document}
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In sostanza il problema è molto simile a quello a cui è venuto incontro @ivan qualche giorno fa. La macro è la stessa [tt]\MakeTextLowercase[/tt] e la soluzione è molto simile: ridefinire localmente [tt]\ac[/tt] affinché

1. Il suo argomento non venga modificato dalla primitiva [tt]\lowercase[/tt] che rende minuscole le lettere (e quindi altera la sigla di riconoscimento)
2. Operi una modica della macro [tt]\fn@[/tt]. In tal modo il testo dell’acronimo viene reso in minuscolo.

Ho aggiunto un acronimo di mia invenzione per testare se tutto funziona.

Piccola osservazione extra: se hai TeXlive 2015 il pacchetto [tt]fixltx2e[/tt] non è più necessario, puoi rimuoverlo tranquillamente.

Tenendo conto di quello che ha detto @ivan, il comando è quello giusto, ti consiglierei, se proprio vuoi aumentare l’interlinea, di impostare [tt]\setstretch{1.2}[/tt]. Tieni conto che [tt]\onehalfspacing[/tt] imposta un valore di 1.25.

Il tuo problema è che [tt]<[/tt], [tt]>[/tt], [tt]?[/tt] e [tt],[/tt] sono interpretati da [tt]listings[/tt] in modo diverso dalle lettere dell’alfabeto (nel pacchetto si parla rispettivamente di other e letter, immagino centrino con i codici di categoria). Questo implica che la stringa che tu vuoi essere interpretata e colorata incontri dei problemi. Comunque sono riuscito ad aggirare il problema definendo un nuovo tipo di commento con l’apposita opzione [tt]morecomment=[\color{orange}]{}{?>}[/tt]. Nota che l’argomento [tt][/tt] è obbligatorio e in questo caso permette di usare due delimitatori per il tuo commento, che saranno uno di apertura e uno di chiusura. Il seocndo argomento è invece opzionale e ti permette di inserire la formattazione (il colore arancione l’ho impostato solo per evidenziare il rendimento del tutto).

Qui il codice completo
`
\documentclass[11pt,oneside]{book}

\usepackage[italian,english]{babel}
\usepackage[latin1]{inputenc}

\usepackage{fancybox}
\usepackage{verbatim}
\usepackage{color}
\usepackage{moreverb}
\usepackage[final,bookmarks,breaklinks,colorlinks]{hyperref}
\usepackage{booktabs}

\usepackage{csquotes}

\usepackage{listings,xcolor} % php code
\definecolor{dkgreen}{rgb}{0,.6,0}
\definecolor{dkblue}{rgb}{0,0,.5}
\definecolor{dkyellow}{cmyk}{0,0,.8,.3}
\lstset{
numbers=left,
numberstyle=\tiny,
showspaces=false,
showtabs=false,
language = php,
basicstyle = \small\ttfamily,
keywordstyle = \color{dkblue},
stringstyle = \color{gray},
identifierstyle = \color{blue},
commentstyle = \color{gray},
morecomment = [\color{orange}]{}{?>},
emph =[1]{if,and,or,else,new},
emphstyle =[1]\color{blue}\bfseries
}

\begin{document}
\selectlanguage{italian}
\pagenumbering{roman}
\vfill
\chapter{Introduzione}
\setcounter{page}{1}
\pagenumbering{arabic}
\begin{lstlisting}
{
“testata”:”Stringa senza spazi visibili”
}
testo vario
if x=else
\end{lstlisting}
\end{document}
`

In teoria quel codice fa parte di un costrutto più esteso, il cui unico scopo è impostare vero o falso i condizionali [tt]\ifwindows[/tt] e [tt]\ifdtt@ShellEscapeEnabled[/tt]. Il condizionale [tt]\ifwindows[/tt] compare solo in quel frangente, dove viene impostato, ma non viene più utilizzato in nessun’altro posto. Ho il dubbio che sia un rimasuglio di qualche aggiornamento dimenticato dagli autori del pacchetto.

Ti consiglio di copiare il file dot2texi.sty e cambiargli nome, poi sostituisci le righe 114-139
`
\newif\ifdtt@ShellEscapeEnabled
\newif\ifwindows
\edef\ip@file{\jobname.w18}
\edef\ip@sig{write18-test-\the\year\the\month\the\day\the\time}
\edef\ip@win{'\ip@sig'}
\def\ip@read@file{%
\newread\instream
\openin\instream=\ip@file
\@tempcnta=\endlinechar
\endlinechar=-1
\read\instream to\@tempa
\endlinechar=\@tempcnta
\closein\instream}
\immediate\write18{echo \ip@win >”\ip@file”}
\IfFileExists{\ip@file}{\dtt@ShellEscapeEnabledtrue}{\dtt@ShellEscapeEnabledfalse}
\ifdtt@ShellEscapeEnabled
\ip@read@file
\ifx\@tempa\ip@sig
\windowsfalse
\else
\ifx\@tempa\ip@win
\windowstrue
\fi
\fi
\immediate\write18{\ifwindows del \else rm — \fi “\ip@file”}
\fi
`
con semplicemente
`
\newif\ifdtt@ShellEscapeEnabled
\ifnum\pdfshellescape\@ne
\dtt@ShellEscapeEnabledtrue
\else
\dtt@ShellEscapeEnabledfalse
\fi
`
[tt]\pdfshellescape[/tt] è un contatore che viene impostato all’inizio della compilazione dal programma con tre possibili valori:

• [tt]0[/tt], quando write18 è completamente disabilitato
• [tt]1[/tt], quando write18 è attivo
• [tt]2[/tt], quando write18 è attivo in modalità ristretta

La modifica che ti ho indicato semplicemente, invece di usare tutto il sistema complesso di prima, controlla se write18 è attivo e quindi imposta a vero il condizionale [tt]\ifdtt@ShellEscapeEnabled[/tt]. Dovrebbe essere indipendente dal sistema operativo. Unica pecca: questo contatore è definito solo per [tt]pdflatex[/tt]. Se devi compilare con altri programmi occorre rattoppare in altro modo.