franen

Per rispondere alla prima domanda:
definisci il tuo comando con \DeclareDocumentCommand, guarda la pagina 7 della documentazione di xparse per capire come usate \IfNoValueTF.

Fran

Sì, ma l’esempio che ti ho scritto io è concettualmente diverso dal tuo lavoro:
io uso due file completamente indipendenti (così come si era capito dalla tua domanda), poi tu riporti un classico esempio di un unico file che richiama file di testo “esterni”.
ma dal momento che tu usi \include è come se il testo contenuto in manuale-1.tex e manuale-2.tex fosse nel file principale. Quindi non ha senso parlare di riferimenti a label esterne!
Da’ un nome univoco alle label, non caricare xr e tutto deve funzioanre (guarda il capitolo dell’arte relativo alla struttura di documenti di grosse dimensioni)

Fran

Aperto tutto con TeXworks con codifica di default utf8 si compila correttamente.
Non saprei che dirti…
Fran

Se compili quel “lavoro precedente” funziona?

`% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
% !TEX TS-program = pdflatex
% !TEX spellcheck = it-IT

\documentclass[11pt,a4paper]{book}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{microtype} %Migliora l'impaginazione della riga.
\usepackage{graphicx} %Indispensabile per inserire figure
\usepackage{makeidx} %Serve per gli indici analitici
\makeindex
\begin{document}
Ciao\index{ciao}
\printindex
\end{document}`compila senza problemi.
Ho tolto la riga `% !TEX root = nome del file principale .tex`perché quella non serve se sei già nel file principale.
Fran

Per usare il riferimento all’ultima pagina senza contare gli allegati puoi usare il codice che ti avevo suggerito qualche messaggio fa.
Per la distanza fra le voci della lista regola la lunghezza [tt]\cftparskip[/tt]. Per le testatine, dovresti quantomeno dirci come li vorresti, comunque li puoi gestire sempre con fancyhdr.

Riporto un esempio che si basa sull’ultima versione del codice che ti avevo proposto.
`\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{pdfpages,fancyhdr}
\usepackage{tocloft,xcolor}
\setlength{\cftparskip}{\baselineskip}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{pict2e}[2009/06/01]

\fancypagestyle{plain}{%
\fancyhf{}
\fancyhead[R]{\slshape \rightmark}
\fancyfoot[C]{\thepage\ di\ \pageref{MyLastPage}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}}
\pagestyle{fancy}
\fancyfoot{}
\fancyfoot[C]{\thepage\ di\ \pageref{MyLastPage}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}

\usepackage{tikz}
\newcommand*\round[1]{\tikz[baseline=(char.base)]{
\node[shape=circle,ultra thick,draw,inner sep=5pt] (char) {#1};}}
\newcommand{\listofencl}{Elenco degli allegati}
\newlistof{allegato}{all}{\listofencl}

\newcounter{numallegato}
\setcounter{numallegato}{0}
\newcommand{\StampaNumeroAllegato}{%
\stepcounter{numallegato}
\noindent
\put(0,790){\makebox[200mm][r]{\textcolor{red}{\Large Doc.~n.~{\LARGE \round{\textbf{\thenumallegato}}}}}}
}
\newcommand{\addfile}[3]{%
\includepdf[pages=-,addtolist={1,allegato,{#3},all:#2},picturecommand*=\StampaNumeroAllegato]{#1.pdf}}

\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{Prima}
\lipsum[1-12]
Questa è una prova per verificare
se il link al primo documento (cfr.~doc.~n.~\ref{all:ermeneutica}) funzioni correttamente. Come fare in modo che
la numerazione fra parentesi sia automatica?

Lo stesso dovrebbe essere per il link all'allegato~\ref{all:ornitologia}.

Qui andrebbe l'elenco numerato di tutti i documenti allegati.

\listofallegato
\makeatletter
\immediate\write\@auxout{\string\newlabel{MyLastPage}{{}{\thepage}{}{}{}}}%
\makeatother
\addfile{file_2}{ornitologia}{De ornitologiae}
\addfile{file_1}{ermeneutica}{Pillole di ermeneutica}
\end{document}`

Ciao e benvenuto.
Credo che la lettura del paragrafo de “l’Arte di scrivere con LaTeX” relativo ai documenti di grandi dimensioni possa aiutare.
Non occorre usare subfiles, se ho ben capito cosa vuoi fare, ma ti basta scrivere [tt]\input{nomecapitolo}[/tt] nel file principale. Se il file nomecapitolo.tex contiene dei comandi di sezionamento (\chapter, \section) questi finiscono direttamente nel sommario.
I sotto-file non avranno però un preambolo (quello che viene prima di \begin{document}), ma solo il testo del capitolo.
(A meno che tu non abbia strane esigenze per cui tu debba avere diversi preamboli per diversi capitoli, ma lo troverei strano per una tesi di laurea).

Fran