Liverpool

Io il problema di memoria non ce l’ho, perché a suo tempo l’ho aumentata e ora non so più come fare per ritornare alle impostazioni di default; anzi, se qualcuno me lo spiega, mi fa un piacere. Però [tt]samples=100[/tt] per un grafico 3d vuol dire 100×100=10000 punti, che non sono pochi. Hai provato a vedere se il problema si presenta comunque commentando tutto tranne la prima figura?

Il problema non è “fare i calcoli”, ma “dove metterli”. Anche se i numeri li leggo da un file esterno, se non ho sufficiente spazio per memorizzarli, dovrò fermarmi. Per togliermi il dubbio, ho fatto una prova con una tabella di 170000 valori generata da Mathematica: il problema si è verificato lo stesso. Sulla maggiore velocità nel caso di lettura da file, tabella o coordinate digitate manualmente hai ragione: la differenza si nota eccome!

La questione è nella differenza tra [tt]\addplot[/tt] e [tt]\addplot+[/tt]. Il primo sostituisce le impostazioni che seguono a quelle già definite o di default; il secondo le aggiunge semplicemente. Nel primo esempio, non hai dato opzioni e perciò pgfplots ha usato quelle di default (con i marcatori). Nel secondo caso hai detto di ignorare le impostazioni già fatte e di tracciare una linea senza marcatori (chiave inutile perché siccome nessuno gli aveva detto di mettere i marcatori, non li avrebbe messi). Nel terzo hai detto di ignorare le impostazioni già fatte e di tracciare una linea spessa blu. Non avendo detto che vuoi i marcatori, non li ha messi. Se scrivi [tt]\addplot+[thick, blue] {sin(deg(x))};[/tt] vedi che ricompaiono i marcatori, perché nelle opzioni di default ci sono già.

P.S.: Quando il sorgente è così lungo, forse sarebbe meglio allegarlo dopo averlo compresso in formato zip, perché è stata un’impresa selezionare tutto il contenuto nella finestrella.

Non c’è bisogno di chiedere scusa.

1.a) La lentezza in fase di compilazione è inevitabile. Attualmente la soluzione migliore è la libreria external di pgf via TikZ (cap. 7 a pag. 349 del manuale), che salva una copia della figura in pdf e le volte successive carica quella, anziché rigenerare il grafico. Si carica con
`\usepgfplotslibrary{external}
\tikzexternalize`la seconda riga serve ad attivare la funzione. E’ necessaria una lettura del manuale per conoscere le opzioni.

1.b) Lo sforamento della memoria. Non so se la risposta che ti do è pertinente, perché forse non ho capito bene il problema. Non dipende dalle potenzialità di calcolo di TeX, ma dalla mole di dati che è necessario memorizzare temporaneamente per tracciare il grafico, quindi il problema non si risolve ricorrendo alla funzione di importazione. La soluzione consiste nell’aumentare la memoria a disposizione di TeX (cap. 6 a pag. 346 del manuale di pgfplots e suggerimenti di Enrico su questo forum). Ho notato che a volte anche suddividere il dominio in intervalli disgiunti può risolvere il problema. Per questo mi sembra strano che il problema sia dato dal numero di grafici nel documento (una ventina, come dici tu). Potrebbe essere che tra di essi ce ne sia almeno uno che da solo sfora la memoria. Potresti mandarmi il sorgente per email?

2) con [tt]samples=300[/tt] la compilazione richiede meno di 2 secondi e non mi dà nessun problema di memoria. Possibile che abbia problemi con [tt]samples=100[/tt]? Per principio sono generalmente contrario ai metodi di interpolazione per il tracciamento dei grafici, in sostituzione di un maggior numero di punti (ma stavolta il risultato è molto buono). Per informazione, in questo caso il metodo usato è quello delle curve di Bézier cubiche.

3) [tt]samples=25[/tt]

4) non ho capito bene cosa vuoi dire. Per le curve dello spazio puoi usare [tt]smooth[/tt]. Per il metodo di colorazione della superficie puoi usare [tt]shader=interp[/tt]. C’è anche la patchplot library (par. 5.6 a pag. 305 del manuale di pgfplots), in particolare con la chiave [tt]patch refines[/tt] per le griglie.

5) vallo a capire. Una notazione alternativa è [tt]sin(\x r)[/tt] per dire che x è in radianti. In questo caso la barra rovesciata è obbligatoria.

6) Una scelta come un’altra. Non è vero che [tt]thick, blue[/tt] implica [tt]no marks[/tt]. Se usi [tt]\addplot[/tt] invece di [tt]\addplot+[/tt] i marcatori non ci sono a meno che non lo decida tu.

7) Dipende dalla visualizzazione. Se usi [tt]axis lines=box[/tt] (per difetto), così in Mathematica e Matlab come qui, l’etichetta dell’asse delle ordinate è centrata e ruotata (in Mathematica devi usare [tt]Frame->true, FrameLabel->{x,y}[/tt]). Se invece usi [tt]axis lines=middle[/tt] l’etichetta è in alto. Puoi modificarne lo stile a piacere con [tt]ylabel style[/tt].

8 ) [tt]variable=\t[/tt] va scritto tra le opzioni di [tt]\addplot[/tt], non di [tt]\axis[/tt]. Quando tu usi un comando per generare una superficie, pgfplots si crea una matrice i cui elementi sono il prodotto cartesiano dei nodi di x per i nodi di y. Su queste coppie ordinate determina la quota in funzione dell’espressione che dai. Per intenderci, l’esempio del sombrero è equivalente a questa notazione:
`\addplot3 [surf, samples=10, domain=-2*pi:2*pi, colormap/cool] ({x}, {y}, {sin(deg(sqrt(x^2+y^2)))/sqrt(x^2+y^2)});`
che vuol dire: il primo elemento è l’insieme dei nodi di x, il secondo quello dei nodi di y, il terzo è la funzione costruita sul loro prodotto cartesiano. Se tu dici [tt]samples y=0[/tt] vuoi che la y sia ignorata e che le coppie ordinate diventino funzione solo di x. Però il primo elemento della terna di parametri non è più [tt]{x}[/tt] come nel caso di default, ma è a sua volta una funzione di x, perciò quello che viene fuori è una curva dello spazio:il primo elemento è una funzione di x, il secondo una funzione di x e il terzo ancora una funzione della sola x (perché hai detto ingora y).

9) azimut ed elevazione. Il manuale non è chiaro su quali siano i lati dell’azimut (che si possono desumere dalla prima figura del par. 4.10.1), però dice che la chiave [tt]view[/tt] è compatibile con l’omonimo comando di Matlab. Sulla guida di questo software si legge che l’azimut ha per lato fisso il semiasse negativo delle y, come mostra la figura seguente:

[attachment=257]view.png[/attachment]

10) Questa è difficile. La tridimensionalità di pgfplots è l’illusione generata dalla disposizione dei punti in un grafico bidimensionale. Il valore di [tt]z buffer[/tt] stabilisce quali sono i punti che vanno disegnati per primi e quindi possono essere nascosti dai successivi. Nel caso di [tt]sort[/tt] i punti più in profondità sono i primi. Il codice è corretto.

11) Il problema è che Mathematica scive [tt]ComplexInfinity[/tt] nella tabella, ma pgfplots capisce solo inf e nan, perciò bisogna sostituire tutte le occorrenze del primo con uno dei secondi. Preferisco NaN perché noi non sappiamo se è +inf o -inf. Il codice Mathematica rivisto è:
`out = Table[{x, Gamma[x]}, {x, -5, 5, 0.01}] /. {ComplexInfinity -> NaN};
Export[“gamma.txt”, out, “Table”];`
Il comando di tracciamento per pgfplots è
`\addplot [unbounded coords=jump] file {gamma.txt};`
[tt]unbounded coords[/tt] dice cosa fare quando incontra un valore inf o nan. In questo caso dice di ignorarlo, perciò il grafico viene interrotto nei punti adiacenti. Se avessi scelto [tt]discard[/tt] (default), avrebbe collegato con un segmento i punti adiacenti (come fa Mathematica).

12) … gli americani! Scrivi
`\begin{axis}[yticklabel style={/pgf/number format/set thousands separator={}}]`

lorenzo.pantieri” post=71953pgfplotstable no: l’Arte copre a sufficienza l’argomento “tabelle”, troppe indicazioni confondono il lettore;

pgfplotstable si occupa della personalizzazione del formato dei dati di una tabella, in special modo quando questa è importata nel documento da un file esterno. Non mi sembra che i pacchetti già presenti nell’Arte facciano qualcosa di simile. Io una semplice citazione da qualche parte la farei, comprendo però il tuo punto di vista.

lorenzo.pantieri” post=71954Intendiamoci, non mi sorprenderei che Claudio o Liverpool o qualcun altro riuscissero a riprodurre omini stilizzati come quelli che vedete nel link tramite istruzioni TeX di basso livello

Non ci penso proprio e non ne sarei capace. Mi sopravvaluti…

Ciao

cfiandra” post=71880per questo motivo sono favorevole ad inserire nell’Arte la conclusione di Lorenzo, ma non a riportare spiegazioni sul codice come propone @Liverpool. Credo sia sufficiente dare i riferimenti e lasciare agli interessati l’onere di documentarsi meglio.

All’inizio avevo capito il contrario. Comunque probabilmente avete ragione voi.

lorenzo.pantieri” post=71882La sostanza, però, non mi pare che cambi molto: se faccio una tesi di fisica-matemtaica e ho bisogno di molti grafici di polinomi di Hermite, Legendre, Laguerre, funzioni di Bessel e armoniche sferiche, la strada più semplice e diretta è quella di usare Mathematica (o un software equivalente), che “conosce” queste funzioni, invece di fare contorsioni traducendole in termini di funzioni elementari (cosa peraltro non sempre possibile) per poterle disegnare con pgf.

Quantitativamente hai ragione, qualitativamente dipende dai punti di vista. A me è capitato di dovere disegnare un orbitale delocalizzato determinato con il software Gaussian. Siccome il risultato del software commerciale non mi piaceva più di tanto, ho esportato i dati in un software di rendering e così ho potuto scegliere i colori, le luci, le trasparenze, i punti di vista e sovrapporre la struttura molecolare. Ci ho messo un bel po’ di tempo, ma sono soddisfatto della qualità del risultato. Dipende tutto dal tempo a disposizione e dalla qualità che si vuole ottenere (non dico che i grafici di Mathematica/Matlab non siano di qualità).
Però vorrei farti due domande: (1) a che anno del corso di laurea sei dovuto arrivare per sentire parlare di polinomi di Laguerre? (2) qual è la percentuale di utenti “medi” (come dici tu) che avranno queste necessità?

lorenzo.pantieri” post=71882Condividi questa conclusione?

Dici a me? Sì, condivido in pieno.

OldClaudio” post=71872Il codice non è adatto ai principianti

Lo immagino (anche quello per TikZ). Dico solo che mi piacerebbe saperlo fare. In questo senso il manuale del pacchetto non aiuta molto, ma forse è giusto così visto che si tratta di contenuti avanzati. Io ho dovuto usare calc per trovare le coordinate…
E’ un peccato che non abbia completato il tuo pacchetto.