Massimiliano

Non mi reputo affatto spedito con latex 😉
ad ogni modo la documentazione di caption è questa

http://ctan.mirror.garr.it/mirrors/CTAN/macros/latex/contrib/caption/caption-eng.pdf

ma, senza cercarla su internet visto che facilmente potresti incorrere in versioni della documentazione che si riferiscono a versioni vecchie, questo stesso pfd è già presente sul tuo hard disk (come la documentazione di tutti i pacchetti).
Per accedervi ti basta aprire il terminale (linux/mac) o il prompt dei comandi (win) e digitare texdoc caption o, in generale, texdoc nomepacchetto
Ti si aprirà la documentazione nel visualizzatore pdf predefinito

Tikz è il pacchetto giusto.
Curioso è il fatto che anche il mio primissimo approccio con questo pacchetto sia stato a causa di un diagramma di flusso. Ci ho messo tipo 6 ore per tirare fuori qualcosa 😀 😀
Lasciamo perdere i miei ricordi però.
Per fare un diagramma di flusso ti servono poche cose (delle tante che si possono fare con tikz).
La cosa fondamentale è che devi capire il sistema di coordinate per mettere tutte le cose nel posto giusto.
Io ti incollo adesso un codice molto vicino a quello che ho utilizzato quella volta e cerco di metterci qualche commento.

Non so se ci sono modi più diretti per farlo, questo una volta capita la logica non è molto difficile.
Spero di aver reso il codice leggibile con i commenti. Con tikz mi ci sono scontrato poche volte quindi non so se il codice seguente è il miglior modo per farlo. So che funziona però 😉

`% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
% !TEX TS-program = pdflatex
\documentclass{standalone}
%importazione di tikz e dei pacchetti necessari
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{shapes,arrows,fit,calc,positioning}
\usepackage[utf8]{inputenc}

\begin{document}
%inzizio del diagramma di flusso e definizione di alcuni stili. Troviamo box e roundbox, container e line. Notare che line in realtà è una freccia. In questo esempio non ho usato
%tutti questi stili visto che ho tagliato parte del mio diagramma. Ho deciso di lasciare comunque gli stili non utilizzati.
\begin{tikzpicture}[box/.style={draw, rectangle, thick,
node distance=7em, text width=7em, text centered,
minimum height=3.5em},
Roundbox/.style={draw, rectangle, rounded corners, thick,
node distance=10em, text width=8em, text centered,
minimum height=3.5em},
container/.style={draw, rectangle, very thick, inner xsep=3em, inner ysep=4em},
line/.style={draw, thick, -latex',line width=.15em}]

%posizionamento del primo blocco. La sintassi è \node[stile] (nome identificativo) {scritta da mettere nella figura};
\node[box](rett){Primo blocco};
%freccia che parte dal punto calcolato come $(rett.north) + (0,0.8)$ ovvero un punto sopra rett.north di 0.8 e arriva a rett
%la riga successiva serve per inserire un commento sulla freccia
%sintassi \path[line] (punto di inizio) — (punto di fine)
% node[opzioni]{scritta};
\path[line] ($(rett.north)+(0,0.8)$) — (rett)
node[auto,right,pos=0.5,text centered] {Commento della prima freccia};

%comando identico al precedente. Creo il rettangolo chiamato shiftLAT, lo posiziono below of rett e ci scrivo dentro secondo blocco
\node[box,below of=rett](shiftLAT){Secondo blocco};
%altra freccia, questa volta senza commenti sopra. Questa parte da rett.south e arriva a shiftLAT.north
\path[line] (rett.south) — (shiftLAT.north);

%altro blocco chiamato roll e posizionato in basso a sinistra di shiftLat
\node[box, below of=shiftLAT, left of=shiftLAT](roll){terzo blocco};
%questa freccia è un pò più compicata in quanto non è dritta ma c'ha un gomito
% parto da shiftLAT.west, passo per il punto che si trova a sinistra di (1,0) rispetto a shiftLAT e arrivo al blocco roll
%anche qui sistemo una scritta
\path[line] (shiftLAT.west) — ($(shiftLAT.west)-(1,0)$) -| (roll)
node[auto,above left,pos=0,text centered] {prima opzione};

%come il blocco di sopra ma questo sta in basso a destra
\node[box, below of=shiftLAT, right of=shiftLAT](cerchione){quarto blocco};
\path[line](shiftLAT.east) — ($(shiftLAT.east)+(0.8,0)$) -| (cerchione)
node[auto,above right,pos=0,text centered] {seconda opzione};

%altro blocco, niente di particolarmente diverso rispetto ai precedenti
\node[box, below of=cerchione](compenetrazione){quinto blocco};
%freccia normale
\path[line](cerchione.south) — (compenetrazione.north);
%questa freccia c'ha due gomiti. Una volta capito il trucco non è diversa dalle altre. Sono specificati il punto di arrivo, due punti intermedi e due punti di fine. Bisogna solo capire come scrivere le coordinate
\path[line](compenetrazione.east) — ($(compenetrazione.east)+(0.8,0)$) -| ($(cerchione.east)+(0.8,0)$) — (cerchione.east)
node[auto,above,pos=-0.4,text centered] {iterazione};

\end{tikzpicture}
\end{document}`

Non so dove tu abbia imparato a scrivere tabelle (dubito su una guida 😀 )
Ho corretto la prima tabella che hai inserito

`\begin{table}[htbp]
\centering
\begin{tabular}{llc}
\hline
variabile & descrizione \\
\hline
\hline
symboling & grado di rischiosità \\
normalized losses & risarcimento medio annuale dell'assicuratore\\
wheel-base & distanza tra ruota anteriore e posteriore\\
length & lunghezza \\
width & larghezza \\
height & altezza \\
curb-weight & peso veicolo\\
engine-size & dimensione motore\\
bore & diametro cilindri \\
stroke & distanza fra pistoni\\
compression-ratio & indice di compressione dei cilindri\\
horsepower & cavalli\\
peak-rpm & massimi giri del motore\\
city-mpg &consumo urbano \\
highway-mpg & consumo extraurbano\\
\hline
\end{tabular}
\caption{Descrizione regressori.}
\end{table}`

L’ambiente tabular e l’ambiente table sono ambienti diversi.
scrivere
\begin{tabular}[htbp]
\begin{tabular}{llc}

non vuol dire nulla e l’errore che ricevi è proprio per questo motivo.
Poi ho cambiato l’ambiente center sostituendolo con il \centering.

Sulle altre tabelle dovrai correggere le stesse cose

`\lstset{frame=single}`

pagina 36 della documentazione di listings (volendo puoi fare cose molto più carine del rettangolo, partendo dal rettangolo con i bordi arrotondati, continuando con uno shadowbox etc etc etc…a pag 36 della documentazione trovi come fare)

Fermo restando che il mio consiglio è quello di buttare ogni template (soprattutto perché spesso sono datati e fanno riferimento a pacchetti datati…già solo questo è un motivo per cui potrebbe non funzionare niente) e di aggiustarti quello che vuoi tu come vuoi tu (il glossario alla fine si riesce a far funzionare…non è niente di trascendentale)

La chiamata a glossaries che si vede l’hai aggiunta tu?
Perché secondo me da qualche parte negli input il pacchetto glossario era già definito con certe opzioni e richiamando certi file (tipo il my_thesis.glsdefs che viene citato nell’errore)

però non vedendo il codice e non conoscendo il template che stai usando capire l’errore è un pò come fare una gara di tiro al piattello bendati e pretendere di fare un buon punteggio 😉

Da quel poco che si capisce dal nulla che hai scritto (il codice che hai messo è un insieme di input e di include…che si dovrebbe capire? 😛 ) probabilmente c’è una } che manca da qualche parte.
Cerca intorno alla voce {mAb} del glossario visto che l’errore rimanda lì.

Se ho ben capito quello che vuoi fare basta che lo metti dentro un ambiente verbatim (o gli altri ambienti che si usano per scrivere codice)

se non erro devi aggiungere l’opzione defernumbers=true nelle opzioni di biblatex