OldClaudio

Visto che la tua classe x_thesis carica tutto e di più, pensavo che avesse caricato anche il pacchetto color o magari xcolor. 🙂

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\documentclass{x_thesis}
\usepackage{float}
\usepackage{listings}
\usepackage{bookmark}
\usepackage{hyperref}

\hypersetup{%
pdfpagemode={UseOutlines},
bookmarksopen,
pdfstartview={FitH},
colorlinks,
linkcolor={blue},
citecolor={red},
urlcolor={blue}
}
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Naturalmente puoi cabiare i colori. Le altre impostazioni dicono che quando apri il PDF si vedono subito i bookmarks e sono “aperti”, proprio il tipo di bookmark che volevi senza il + da cliccare per aprirli; la vista iniziale è quella dove viene mostrata l’intera pagina; colorlinks elimina i riquadri attorno ai link ma usa i colori indicati sotto.

Ho dato un’occhiata, forse un po’ distratta, anche perché le poche volte che uso emacs lo uso sotto la vaste di Aquamacs; in rete in effetti esiste in file greek.el che farebbe riferimento al metodo di inpit a cui tu alludi (greek-mizuochi) ma dove i caratteri di entrata sono JIS (Japanese Input System?). Chiaramante scritto dai giapponesi per i giapponesi.

Ho visto anche un cgreek che accetta diversi encoding sia per l’alfabeto latino, sia per quelli greco politonico e cirillico; tra quelli greci c’è anche greek-mizuochi.

Tuttavia la fatica che si fa per digitare un testo è la stessa di quella che serve per comporre con la tastiera latina il greco con il fontencoding LGR; l’unico vantaggio, forse è che si vedono sullo schermo direttamente i caratteri greci accentati; Ma tra i metodi di codifica dell’entrata in questo pacchetto cgreek, c’è anche l’input encoding corrispondente a quella dei font LGR, quindi volendo si può usare anche quella codifica.

Il problema resta e resta, nota bene, anche per i greci, la cui tastiera ha i tasti espliciti per scrivere in greco monotonico (niente spiriti, gli accenti ridotti al solo acuto e, infine, la dieresi). Ma quando vogliono scrivere in καταρεύθσα, devono ricorrere ai tasti morti che sono piuttosto numerosi e richiedono una battuta per ogni accento, spirito, dieresi, iota sottoscritto; quindi la lora fatica per l’input è la stessa; il vantaggio per loro è che hanno tutto l’alfabeto serigrafato sui vari tasti, molti tasti morti e segni speciali e, ultimo, ma non meno importante, la possibilità di commutare i layout sulla variante USA della tastiera latina; insomma un filologo italiano che volesse scrivere anche in greco farebbe bene a comprarsi una tastiera greca, se conosce un amico in Grecia se la può fare spedire e il costo, trasporto compreso, non dovrebbe superare la sessantina di euro. Altrimenti la ordina al suo negozio/supermercato/… preferito; aspetterà forse un paio di mesi prima che arrivi, ma gli arriva. Poi esistono sempre gli acquisti on line.
Non sto scherzando; quel prezzo val bene la comodità di scrittura e la tastiera, si spera, non va più alla fine come molte altre periferiche.

La chiave fit produce l’errore perché non è definita nel codice che ripeorti; probabilmente era definita nell’esempio che ha ripreso in un’altra posizione del file.
Comunque a me pare più ragionevole lasciare perdere i layers e ragionare solamente a livello di tikzpicture:
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\documentclass{article}

\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{shapes,arrows}
\usepackage{amsmath,bm,times}

\usetikzlibrary{shapes.gates.logic.US,trees,positioning}

\begin{document}
Innanzitutto non capisco a che serva questo codice, trovato in un esempio in rete:

\pgfdeclarelayer{background}
\pgfdeclarelayer{foreground}
\pgfsetlayers{background,main,foreground}

\centering

\begin{tikzpicture}
%% Draw system flow diagram
\begin{scope}[node distance=1.2cm,on grid,>=stealth',
elabor/.style={rectangle,rounded corners,draw,
text centered,fill=black!20!white},
results/.style={ellipse,draw,text centered,fill=black!20!white}]
\node [results] (a1) {risultato};
\node [elabor] (a) [above=of a1] {f(x)} edge [->] (a1);
\node [results] (b1) [above=of a] {y} edge [->] (a);
\node [elabor,text width=2.cm] (b) [above=of b1] {\emph{Step 2}.\\ -FindRoot-} edge [->] (b1);
\node [results] (c1) [above= of b] {ris.} edge [->] (b);
\node [elabor,text width=2.cm,fill] (c) [above=of c1] {\emph{Step 1}.\\ -FindRoot-} edge [->] (c1);
\node [node distance=1.8cm] (d1) [above= of c] {} edge [->] (c);
\end{scope}

\end{tikzpicture}

\end{document}
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Io toglierei le definizioni degli strati, che ho marcato in blu. Quelle tre righe servono per assegnare dei nomi agli strati e di dire in che ordine si trovano; ogni figura PostScript e PDF è fatta a strati; quei comandi servono per dare loro un nome in modo da impostare le caratteristiche di ciascuno, Puoi trovare le spiegazioni nel pgfmanual.

Invece io metterei le specifiche dei colori nella definizione dei tipi di nodi, dove dici che forma hanno dove vuoi il testo, eccetera, aggiungi anche come ne vuoi riempire lo sfondo; in questo modo puoi distinguere i nodi non solo dalla forma ma anche dal colore di sfondo.

Ho cambiato la percentuale di black in 20 e ho aggiunto white che dovrebbe essere di default, ma con i colori e le loro sfumature puoi giocare come vuoi usando la sintassi delle miscele di colori del pacchetto xcolors che viene caricato di default da tikz.

Ho cancellato il nome arrows dai pacchetti tikz da usare perché l’avevi specificato due volte.

Sei sicuro che f(x) debba restare in tondo e non debba andare in modo matematico? Capisco che il tuo è solo un esempio, ma giusto per fare attenzione a qual che si scrive come testo interno ai blocchi.

Enrico ha le sue motivazioni per raccomandare di non numerare le singole equazioni di un sistema. Le posso immaginare, e visto che lui è un matematico, mi affido al suo giudizio.
Tuttavia ci sono certamente dei casi in cui è necessario numerarle, evitando circonlocuzioni del tipo “la terza equazione del sistema (3.24)”.
In questo caso io non caricherei nessun pacchetto esterno, ma, avendo sicuramente caricato amsmath e, magari, amssymb (senza esplicitare amsfonts, che viene automaticamente chiamato da amssymb), mi servirei dell’ambiente subequations che fa esattamente quello che vuole fare Melissa (basta che legga la documentazione di amsmath; texdoc amsmath, sottosezione 3.11.3)

Quello che dice @robitex è anche raccontato nell’Introduzione (link qua sopra), ma quello che interessa @umano è il passaggio inverso.
Certamente il suggerimento di Lorenzo è da prendere in considerazione, come anche sono da prendere in considerazione quei procedimenti che trasformano un file LaTeX o ConTeXt in file XLM; da questi, poi, dovrebbe essere possibile con le versioni più recenti della suite MS Office passare ad un documento .doc o .docx. Lo si può fare anche con OpenOffice, visto che esso è più o meno compatibile con MS Office.

Il punto delicato è che un file .doc è quasi privo di markup interno, mentre LaTeX ne contiene una buona dose; XML ne contiene molto di più. Per cui un programma automatico che converte da XML a LaTeX o a Word contiene dell’informazione ridondante che nella conversione può essere scartata; invece nei passaggi opposti il programma deve “inventarsi” la parte di markup mancante e non sempre ci riesce. Quindi anche la conversione citata da @robitex non può dare risultati perfetti perché il convertitore deve inventarsi il markup mancante.

Non ti basterebbe rendere \capo equivalente a \section e \punto equivalente a \subsection?
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\let\capo\section
\let\punto\subsection
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Capisco che non fanno la stessa cosa, ma le definizioni originali nel file article.cls sono
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\newcommand\section{\@startsection {section}{1}{\z@}%
{-3.5ex \@plus -1ex \@minus -.2ex}%
{2.3ex \@plus.2ex}%
{\normalfont\Large\bfseries}}
\newcommand\subsection{\@startsection{subsection}{2}{\z@}%
{-3.25ex\@plus -1ex \@minus -.2ex}%
{1.5ex \@plus .2ex}%
{\normalfont\large\bfseries}}
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Caso mai, io copierei queste due definizioni aggiustando i valori, ma non lo \z@, e cambiando i segni. Suppongo che tu voglia una spaziatura verticale prima ci \capo e di \unto, ma tu voglia continuare il testo del capo e del punto sulla stessa riga.
Confronta i valori degli spazi nella classe article.cls per i successivi comandi di sezionamento; lo \z@ serve per stabilire la rientranza del titolino, ed è giusto che normalmente sia nulla. In article.cls solo il \subparagraph ha una rientranza di \parindent. ma per le due gomme successive il segno negativo per la prima vuol dire di lasciare uno spazio sopra, e un segno positivo nella seconda vuol dire di lasciare uno spazio verticale sotto al titolino. per la seconda un valore positivo indica di continuare sulla stessa riga lasciando uno spazio orizzontale.

Dopo di che gli altri comandi che hai usato tu per caratterizzare il font del titolino vanno bene